Muzeum posiada bogaty zbiór dzieł sztuki polskiej, europejskiej i pozaeuropejskiej, co stawia je na pozycji jednej z najważniejszych i najciekawszych kolekcji nie tylko w Polsce, ale na świecie. Charakterystyczne dla krakowskiego muzeum jest istnienie w jego strukturze organizacyjnej muzeów biograficznych, upamiętniających najwybitniejszych, wybranych artystów Krakowa: Jana Matejkę, Józefa Mehoffera, Stanisława Wyspiańskiego a także kompozytora, Karola Szymanowskiego.