Biblioteka Jagiellońska wspólnie z Biblioteką Medyczną CM, bibliotekami wydziałowymi i instytutowymi tworzy system biblioteczno-informacyjny Uniwersytetu Jagiellońskiego. Dzięki bogatemu zasobowi druków polskich uznawana jest za bibliotekę narodową. W Bibliotece Jagiellońskiej jest zorganizowany dostęp za pośrednictwem internetu do elektronicznych wersji czasopism naukowych oraz elektronicznych baz danych.