Klasztor jest jednym z najpiękniejszych kompleksów sakralnych Krakowa. Został zbudowany w XII wieku, ale prawie doszczętnie zniszczony podczas najazdów tatarskich w XVIII wieku. Klasztor został odbudowany w XIV wieku, natomiast swój obecny wygląd uzyskał w XVII wieku. W skład kompleksu sakralnego wchodzą również dwa kościoły - św. Augustyna i św. Jana Chrzciciela. W klasztorze przechowywane sę cenne rękopisy i starodruki.